Le match retour au Vélodrome se déroule lors de la 30ème journée devant 60.000 personnes et voit la victoire de l’OL 3 buts à 2. La fin du match sera plus que houleuse, avec des échauffourées notamment entre Rami, Ocampos, Marcelo et Lopes. À l’issue d’une solide saison au poste de gardien de but, le franco-portugais Anthony Lopes est conservé titulaire dans les cages lyonnaises. Bisevac, absent pour cause d’une blessure depuis février fait son retour dans la charnière centrale et Rafael fait ses débuts sous sa nouvelle tunique. L’émergence de l’espagnol Sergi Darder au milieu de terrain entraîne également un temps de jeu réduit d’un Clément Grenier de retour de blessure et d’un Steed Malbranque en fin de carrière. Milieu récupérateur dans un registre de numéro 8, il évoque pour des observateurs un style de jeu à la Tiago. Les trois dernières saisons des années 1960 voient l’Olympique lyonnais rester dans le milieu de tableau, et échouer chaque année en huitièmes de finale de la coupe de France.
Qualifié pour la Ligue des champions 2006-2007 grâce à sa victoire dans le championnat de France en 2006, le club de Jean-Michel Aulas ne réussit qu’un parcours en demi-teinte en Ligue des champions, maillot olympique lyonnais son élimination par l’AS Rome en huitième de finale tranchant avec un parcours brillant en phase de poule et en championnat. Le match ayant été suivi par le plus grand nombre de spectateurs est la finale de la Coupe de la Ligue contre les Girondins de Bordeaux au stade de France : 79 072 personnes étaient présentes pour assister à la rencontre. En 2007, une partie des supporters lyonnais brandissent au Stade de Gerland le message : « Stéphanois, ordures consanguines ! ». Le 12 août, Mehdi Zeffane rejoint le Stade rennais pour un montant d’un million d’euros, il quitte alors son club formateur l’Olympique Lyonnais, club où il n’a jamais réussi à s’imposer depuis ses débuts en professionnel. Le lendemain, Clinton Njie quitte le club pour Tottenham où il signe un contrat de cinq ans contre une indemnité de 14 millions d’euros, auxquelles s’ajoutent 3 millions de bonus éventuels. De même il a vendu pour 21 millions d’euros, contre 178 millions pour Monaco et 54 pour le PSG.
Il vient pour un salaire brut de 10 millions d’euros sur ces quatre ans de contrat (sans les primes). Le 14 août, l’Olympique lyonnais annonce l’arrivée de Mapou Yanga-Mbiwa en provenance de l’AS Rome contre une indemnité de 10 millions d’euros (8 millions net plus 2 en bonus). Le 13 août, les jeunes Mouctar Diakhaby et Aldo Kalulu ont signé leur 1er contrats pros. Le 11 août, Mathieu Valbuena signe à l’OL un contrat de 3 ans en provenance du Dynamo Moscou. Le 31 août (dernier jour du mercato), l’international U19, Lucas Tousart quitte son club formateur, Valenciennes FC pour signer avec l’Olympique lyonnais, il portera le numéro 29. Il signe un contrat de 5 ans pour option d’achat de 3,5 millions d’euros. Le 17 juillet, Mohamed Yattara quitte l’Olympique lyonnais pour le Standard de Liège en Belgique pour un montant de 2,2 millions d’euros. Le club russe récupère 5 millions d’euros pour le transfert de l’international français qui aura le numéro 19, libre depuis le départ de Mohamed Yattara. Pour effectuer cette saison, lors de la trêve estivale, la direction du club utilise un budget de 45 millions d’euros consacré au recrutement de joueurs comme Jérémy Toulalan, Kim Källström, Sébastien Squillaci et Alou Diarra.
Robert Herbin le remplace mais ne peut empêcher la relégation du club en deuxième division. L’équipe emmenée par un Alexandre Lacazette retrouvé (21 buts) et un Rachid Ghezzal décisif finira finalement la saison à la deuxième place du championnat. Les bons résultats de l’équipe sur la deuxième partie de saison permettent à Bruno Génésio de faire davantage tourner son équipe, avec notamment une rotation fréquente des latéraux Jallet/Rafael sur la droite et Morel/Bedimo sur la gauche de la défense. Lamine Diatta a également fait partie de l’effectif. Olympique lyonnais entame la première partie de sa saison officielle qui se déroule du match du trophée des champions le 1er août pour s’arrêter à la première trêve internationale le 30 août. Pour la première journée, l’OL se rend à l’Etihad Stadium. Mais après le report du match de la troisième journée face à Lens, l’OL joue deux fois consécutives à l’extérieur. Le lendemain de la cuisante défaite face à Willem II, les Gones rencontrent le Feyenoord Rotterdam avec une équipe composée de joueurs destinés à être titulaires lors de la saison à venir. En premier lieu les blessures de deux joueurs qui ont été solides face à Milan : Bedimo et Jallet, remplacés par Zeffane et Jenssen.
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