La double confrontation contre le club suisse se conclut par deux victoires de l’OL sur le score de un à zéro (but de Milan Bisevac à domicile, but de Clément Grenier à l’extérieur sur une passe de Lisandro pour son dernier match sous les couleurs olympiennes). Il s’agit de John Carew remplacé par Milan Baroš ainsi que Fred, Sylvain Wiltord et les jeunes Karim Benzema, Loïc Rémy et Grégory Bettiol. Du côté des gardiens de but, on note l’arrivée de Frédéric Roux à la suite de la blessure de Grégory Coupet, celui-ci est engagé en tant que doublure de Rémy Vercoutre qui assure l’intérim. Cependant, au retour en Catalogne, l’OL ne pèse pas le poids et s’incline sur le score de 5 à 1. Si les faits de jeu ont été défavorables au club rhodanien (premier but du Barça marqué sur un penalty inexistant, sortie d’Anthony Lopes sur blessure…), l’élimination est logique tant les Blaugrana ont dominé sur l’ensemble des deux matchs, bien que l’espoir soit légèrement revenu après la réduction du score (à 2 à 1) de Lucas Tousart. La rencontre à Décines débute très mal puisque le Danois Kasper Dolberg ouvre la marque dès la 27e minute, forçant l’OL à devoir inscrire au moins quatre buts pour arracher les prolongations.
Équipes Points Joué Gagné Nul Perdu Buts pour Buts contre Diff. Malgré un parcours moins serein que la saison précédente, et un relativement faible nombre de buts marqués (seulement six) compte tenu des équipes rivales, le club rhodanien sort premier avec douze points (une victoire et un nul contre chaque équipe rencontrée). Alors que le match commence bien avec un but de Jordan Ferri (sur un service de Rachid Ghezzal) dans les dix premières minutes, les Belges égalisent avant la mi-temps, puis s’offrent même la victoire dans le temps additionnel de la deuxième mi-temps. Le temps passe sans que Lyon ne se crée beaucoup d’occasions mais Alexandre Lacazette inscrit finalement un doublé coup sur coup juste avant la mi-temps, d’abord sur penalty puis à la suite d’un bon travail de Nabil Fekir. Si l’entraîneur Rémi Garde décidera de partir en fin de saison (sur une décevante cinquième place en L1 et une finale de Coupe de la Ligue), de nombreux joueurs formés au club – en sus du déjà capitaine Maxime Gonalons – laissent entrevoir un potentiel certain (le gardien Anthony Lopes, le défenseur Samuel Umtiti, les milieux Jordan Ferri, Corentin Tolisso, ou l’attaquant Alexandre Lacazette) et sont appelés à devenir les cadres de cet OL en reconstruction.
S’il disputera ce tour préliminaire, l’attaquant argentin Lisandro López, devenu l’un des plus importants joueurs de l’histoire du club, verra son aventure lyonnaise se terminer, puisqu’il s’en ira au Qatar en août 2013. L’OL renforcera alors sa politique consistant à miser sur des joueurs du cru, tels que l’attaquant Alexandre Lacazette, les milieux Jordan Ferri et Corentin Tolisso, le défenseur Samuel Umtiti, ou le gardien Anthony Lopes. En seizièmes de finales, l’OL fait face l’AZ Alkmaar, adversaire censé bien plus faible. Cet échec dans une poule à la portée de l’OL est d’autant plus déplorable qu’elle intervient après une sortie de piste précoce la saison écoulée contre le modeste club roumain de l’Astra Giurgiu en barrages de Ligue Europa. N’ayant plus son destin entre les mains, la victoire est alors impérative contre La Gantoise lors de la cinquième journée, pour le dernier match européen de l’histoire de l’OL dans son antre de Gerland.
